中核磁共振找水方法的原理决定了该方法能够直接找水，特别是找淡水。在该方法的探测深度范围内，只要地层中有自由水存在，就有核磁共振信号响应，反之则没有响应，其次，核磁共振方法受地质因素影响小。这些优点可用来区分间接找水的电阻率法和电磁测深法卡尼亚视电阻率的异常性质。例如，在我国岩溶发育区，特别是在西南岩溶石山缺水地区，当溶洞、裂隙被泥质充填或含水时，视电阻率均显示低阻异常，是泥是水难以区分。核磁共振测深不受泥质充填物干扰很容易将二者区分开来。
此外，在淡水电阻率与其賦存空间介质的电阻率无明显差异的情况下，电阻率法找水就显得无能为力，而核磁共振测深却能够直接探测出淡水的存在。完成一个核磁共振深点的费用仅为一个水文地质勘探钻孔费用的1/10，并可以快速地提供出打井位置及划定找水远景区核磁共振的缺点是探测**深度仅为150米，尚不能探测埋藏深度大于150米的地下水；此外，由于核磁共振找水仪的灵敏度高，故容易受电磁噪声干扰，在电磁噪声干扰强的区段不能开展工作。目前，我国利用核磁共振找水方法在前人认为无水区的湖北省永安地区找到了优质岩溶水；在河北省风化的花岗岩中找到了地下水；在湖北省孝感地区的变质岩中找到了基岩裂隙水；在新疆维吾尔族自治区塔河油田圈定了地下水淡水资源远景区；在福建省安溪等地为开发利用地下热水提供了后备基地。这一方法由于耗时费力，所以郎溪县打井都不采用此方法。
